Y tipi moleküler eleklerin elmasa benzer yakın paketlenmiş altıgen bir yapıya sahiptir. Beta kafesi, elmasın karbon atomu düğümlerini değiştirmek için yapısal birim olarak kullanılırsa ve iki bitişik beta kafes altıgen kolon kafesiyle bağlantılı ise, yani beş beta kafesi, bir beta kafesinin merkezde bulunan dört beta kafesi ile birbirine bağlanır ve kalan dört betitin bulunduğu bir betitin bulunduğu bir beta kafesi bulunur. Kristal yapı oluşur. Bu yapı ile bağlantı kurmaya devam ederek, y tipi moleküler elek yapısı elde edilir. Bu yapıda, β kafesi ve altıgen kolon kafesi tarafından oluşturulan büyük kafes, sekiz taraflı bir zeolit kafestir ve birbirine bağlı pencere delikleri, ortalama etkili gözenek boyutu 0.74nm olan, Y tipi moleküler elekin gözenek boyutu olan on iki ikili halkadır. X tipi moleküler elek ve y tipi moleküler elek yapısı tamamen aynıdır, ancak y tip moleküler elek silika alüminyum oranı yüksektir, hidrotermal stabilite güçlüdür, bu nedenle daha yaygın olarak kullanılır.
